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　　在1924年以前，圣保利足球俱乐部是“汉堡-圣保利竞技俱乐部”(Hamburg-St.Pauli Turnverein 1862)（1862年5月1日由成立于1852年9月7日的MTV in Hamburg和1860年9月7日成立的TV in St. Pauli und vor dem Dammthore合并而成）的足球部门。圣保利足球俱乐部正式成立于1910年5月15日，以圣保利竞技俱乐部之名在大汉堡地区踢联赛，直到1924年德国竞技和足球俱乐部净化分离运动后才注册成为自主的俱乐部。俱乐部在汉堡地区处于中下游水平，直到1934年进入当时德国的16个最高级联赛之一——北方地区联赛(Gauliga Nordmark)，从此在顶级和次级联赛闲摇摆，1935年降级，1936年重升，1940年又降，1942年再升级，直到第二次世界大战结束。
　　二战后，1947年球队重新在北部州级联赛联赛(Oberliga Nord)进行比赛。1947-1948赛季圣保利取得第二名，由此取得进入国家冠军杯赛的资格，打入半决赛时2:3被当届冠军纽伦堡足球俱乐部击败。1950年代前半期球队成绩不错，但对汉堡体育俱乐部(Hamburger SV)处于下风，7年来取得5个联赛第二，但未能在杯赛中取得好成绩。在1950年代后半期和1960年代前期开始被不来梅沙洲(Werder Bremen)和奥斯纳布吕克等对手超过，从此最好只能取得第四名的成绩。
　　1963年，西德开始举办新的足球职业联赛——德国联邦联赛（Bundesliga，即中文通称的德国足球甲级联赛）。当年的北方上级联赛前三名——汉堡体育俱乐部、不来梅沙洲和不伦瑞克和谐(Eintracht Braunschweig)进入联邦联赛，而圣保利只能进入当时的第二级联赛——德国北方地区联赛(Regionalliga Nord)。
　　此后是十馀年的挫败。圣保利在1964年险些进入甲级，但未能取得在升级的小组赛中胜利。1966年又取得一次德北地区联赛的冠军，仍旧在升级赛中以2个净胜球之差输给埃森红白队(Rot-Weiß Essen)。此后圣保利又取得过在德北地方联赛1972和1973年的冠军和1971和1974年的亚军，但仍折戟于升级赛。
　　联邦联赛的成功和职业足球在西德的发展促成了1974年乙级联邦联赛(2. Bundesliga)的产生。圣保利当年进入德乙联赛，并在1977年终于拿到榜首并晋级德甲联赛。一年后旋即降回乙级。在德乙也很短命，1979年球队陷入破产边缘并被吊销职业竞技的执照，被迫降到第三级联赛——北部州级联赛(Oberliga Nord)。在1981和1983年球队取得上级联赛第一的成绩，但仍因财政状况不健康而未能升级。直到1984年，球队取得上级联赛第二，仅次于不来梅沙洲的二队。因后者不被允许升级，圣保利终重返德乙。
　　在1980年代中期，圣保利开始从一个传统型俱乐部向“宗教狂热”型(\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\"Kult\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\")俱乐部转变。俱乐部从港区搬迁到汉堡著名的夜生活和红灯区——缆绳道(Reeperbahn)附近。球迷的文化倾向左翼政治，并在俱乐部的比赛附近营造轰动气氛。支持者们采用骷髅头和两根交叉大腿骨的组成的黑色 海盗旗作为俱乐部的非官方的象征。值得一提的是，圣保利是德国头一家正式禁止右翼和民族主义活动和展示的球队。在当年，受法西斯主义影响的足球流氓正在威胁欧洲的足球比赛。在1981年，俱乐部每场比赛平均只有1600名观众，而到了1990年代后期，每场比赛都能将2万张球票售空。
　　1980年代后期到1990年代，圣保利如过山车一样反复在甲级和乙级闲升降。其间1988-1991年和1995-1997年在甲级。球队取得的最好成绩是1988-1989赛季德甲第10名。
　　圣保利至今的最后一次甲级之旅在2001-2002赛季。2002年2月6日，处于榜尾的圣保利队在米勒门体育场令人吃惊地2:1战胜了拜仁慕尼黑。当时已几乎确定降级的圣保利人在T恤上印上“世界俱乐部杯冠军战胜者”(Weltpokalsiegerbesieger)，因拜仁在此赛季赢得了世界俱乐部杯。本场比赛中圣保利的射手是Nico Patschinski和Thomas Meggle。直到第87分钟才由威利·萨尼奥尔扳回一球。
　　2001-2002赛季的降级险些使俱乐部破产，不得不接受捐款，即“拯救行动”(Retteraktion)。他们印制的带有俱乐部标志和“Retter”（“拯救”）字样的文化衫在6周内销售掉14万件。他们还组织过一场对拜仁慕尼黑(FC Bayern München)的友谊赛以缓解经济危机。
　　俱乐部也活跃于慈善活动中。2005年，俱乐部及其球迷发起“viva con agua de sankt pauli”行动，为古巴学校的饮水设备募捐。
　　在2005-2006赛季，身处北方地区联赛（丙级）的圣保利在德国杯比赛中取得了难以置信的胜利。在淘汰赛中，他们一路过关斩将，战胜了布格豪森(Wacker Burghausen)、波鸿(VfL Bochum)、柏林赫塔(Hertha Berlin)等职业球队，2006年1月25日的四分之一决赛中竟然雪地里3:1战胜了当年的德甲联赛亚军不来梅沙洲(Werder Bremen)。进入德国杯半决赛为俱乐部带来大约100万欧元的电视和赞助收入，极大程度缓解了俱乐部当时危急的财政。最终，在半决赛中，圣保利在4月12日举行的半决赛中主场0:3输给了拜仁慕尼黑(Bayern München)，没能继续这一奇迹。
　　圣保利队在最近30年来曾经13次变换联赛。